Mitološka dežela med soncem in luno. Tri dame v službi Kraljice noči rešijo princa Tamina pred kačo. Odidejo povedat kraljici, nato pa se pojavi tičar Papageno. Taminu se hvali in zatrjuje, da je bil on tisti, ki je ubil bitje. Dame se vrnejo in Taminu izročijo portret kraljičine hčere Pamine, za katero pravijo, da je sužnja zlobnega Sarastra. Ob pogledu na portret se Tamino takoj zaljubi. Pojavi se kraljica in Taminu potoži o izgubljeni hčeri. Taminu naroči, naj jo reši. Da bi ju varovala na njuni poti, dajo Gospe Taminu čarobno piščal, Papagenu pa srebrne zvonce. Prav tako jima za vodiče namenijo tri duhove.

Sarastrov služabnik Monostros zasleduje Pamino, a ga Papageno prežene. Tičar pove Pamini, da jo Tamino ljubi ter da jo prihaja rešit. Tamino je na poti do templja Sarastra, kamor ga vodijo trije duhovi, kjer od visokega svečenika izve, da je pravzaprav kraljica tista, ki je zlobna, in ne Sarastro. Ko sliši, da je Pamina na varnem, Tamino s čarobno piščaljo uroči divje živali, nato pa odhiti za zvoki Papagenovih zvoncev. Monostatos in njegovi možje lovijo Papagena ter Pamino, vendar pa nemočni obstanejo, ko Papageno zaigra na čarobne zvonce. Sarastro veličastno vstopi in kazuje Monastatosa, Pamini pa obljubi svobodo. Pamina vidi, kako Tamino s Papagenom vstopa v tempelj.

Sarastro pove svečenikom, da bo moral Tamino skozi iniciacijski obred. Monostatos poskuša poljubiti spečo Pamino, vendar mu načrte prepreči Kraljica noči. Ta svoji hčeri preda bodalo ter ji naroči, naj ubije Sarastra.

Sarastro najde obupano Pamino in jo potolaži. Zatrdi ji, da ga maščevanje ne zanima. Duhovnik Taminu in Papagenu zapove tišino ter jima prepove kakršno koli jedačo ali pijačo. Papageno se nemudoma prekrši, ko od starejše ženske sprejme kozarec vode. Ko jo vpraša po imenu, ta izgine. Trije duhovi vodijo Tamina po njegovi poti ter Papagenu zabičajo, naj bo tiho. Tamino je tiho tudi ko se pojavi Pamina. Ta njegovo molčečnost razume kot hladnost, kar ji zlomi srce.

Svečeniki obvestijo Tamina, da ga do konca obreda čakata samo še dva preizkusa. Papageno, ki je obupal nad sprejemom v bratovščino, sanja o ženi. Sčasoma se zadovolji s starejšo žensko. Ko ji obljubi zvestobo, se starka spremeni v prelepo mlado Papageno, nato pa izgine. Pamina in Tamino sta združena in skupaj se podata skozi težko preizkušnjo vode in ognja. Ščiti ju čarobna piščal.

Papageno je ves obupan, ker je ostal brez žene, in se poskuša obesiti. Rešijo ga trije duhovi, ki ga opomnijo, da bo našel iskreno srečo, če uporabi svoje čarobne zvonce. Ko zaigra na zvonce, se pojavi Papagena in že se pogovarjata o družini. Kraljica noči, njene tri dame in Monostatos napadejo tempelj, a so premagani ter izgnani. Sarastro blagoslovi Pamino in Tamina, medtem ko vsi skupaj nazdravljajo zmagi poguma, kreposti in modrosti.