Potem ko brata vodovodarja Mario in Luigi premagata Bowserja in rešita Brooklyn, se sedaj soočata z grožnjami Bowserjevega sina, Bowserja mlajšega, ki skuša rešiti svojega očeta, ki se je pomanjšal in je v zaporu. Mario mora skupaj s prijatelji ustaviti njegove načrte za prevlado nad svetom.