Potem ko sta brata vodovodarja, Mario in Luigi, premagala Bowserja in rešila Brooklyn, se zdaj soočata z grožnjami Bowserjevega sina, Bowserja mlajšega. Ta skuša rešiti svojega očeta, ki se je pomanjšal in je v zaporu. Mario mora skupaj s prijatelji ustaviti njegove načrte za prevlado nad svetom.