Sonic, Knuckles in Tails se ponovno združijo proti novemu močnemu nasprotniku po imenu Shadow, skrivnostnemu zlobnežu s povsem drugačnimi močmi, s katerimi so se soočili doslej. S svojimi izjemnimi sposobnostmi mora ekipa poiskati malo verjetno zavezništvo v upanju, da bo ustavila Shadowa in zaščitila planet.