Sonic, Knuckles in Tails se ponovno združijo, da bi se spopadli z novim mogočnim nasprotnikom, Shadowom, skrivnostnim zlobnežem z edinstvenimi močmi, kakršnih še niso izkusili. Z združenimi sposobnostmi mora ekipa skleniti nepričakovano zavezništvo v upanju, da ustavi Shadowa in zaščiti planet.